Al prepararse para dormir, un estruendoso ruido se escucha frente a su habitación provocando una breve perturbación sismica, ocasionada a su vez por un enorme tren -que sin descarrilarse al andar mágicamente sobre la nieve y no sobre algún tipo de vía -, se ha detenido justo enfrente de la puerta de su hogar. El niño sale impresionado de su habitación y, mientras está explorando el exterior del misterioso tren, es invitado a abordarlo por el conductor del mismo -y, aunque se niega primeramente, al final termina corriendo para subirse a bordo-.

El tren mágico, el cual es llamado "Polar Express", transportará, en un recorrido de ida y vuelta, a un selecto grupo de niños, que al igual que el protagonista, han perdido la fe de continuar creyendo en la navidad.